تدور أحداث الفيلم العميل صفر حول ألما، التي تضطر إلى العودة لهويتها السابقة كعميلة استخبارات وقاتلة محترفة تُعرف باسم "باض"، بعد إصابة ضابط الشرطة إلياس بطلق ناري ودخوله في غيبوبة. وبينما تسعى للانتقام وكشف الحقيقة، تبدأ بتعقب أفراد عائلة الخوري والقضاء عليهم واحدًا تلو الآخر، ما يثير غضب زعيم العائلة منصور. لكن مع انكشاف الأسرار، تكتشف أن منصور يعمل مع جوانا، الضابطة السابقة في وحدتها الاستخباراتية، لتجد نفسها في مواجهة مؤامرة أخطر مما كانت تتوقع.